Durante la Guerra Civil siguió siendo un centro de educación y formación de niños y niñas, y en él se instaló una Cantina promovida por la Sociedad Religiosa de los Amigos, una organización humanitaria norteamericana conocida popularmente como “Cuáqueros”. Cantina en la que se daba de desayunar a los niños eldenses con sus correspondientes raciones de leche, mitigando en la infancia las necesidades impuestas por las restricciones alimenticias durante la guerra.
A finales del mes de febrero de 1939, y como consecuencia del establecimiento del último gobierno de la República, presidido por Juan Negrín en Elda y Petrer, el colegio fue desalojado para uso docente siendo habilitado como sede de la Subsecretaria del Ejército de Tierra y la sede del servicio secreto conocido como SIM o Servicio de Inteligencia Militar.